Thải độc đại tràng bằng cà phê có tốt không là vấn đề còn nhiều tranh cãi. Mặc dù nhiều bác sĩ tiêu hóa đã lên tiếng ủng hộ phương pháp này, nhưng vẫn chưa có một khuyến cáo chính thức nào cho phương pháp thải độc bằng cà phê. Trên thực thế, phương pháp này có cả mặt lợi và mặt hại.